[#image-binder] [link=https://mybinder.org/v2/gh/Mishima-syk/py4chemoinformatics/master] image::https://mybinder.org/badge_logo.svg[]

link:https://github.com/joofio/py4chemoinformatics[English version of Python for Chemoinformatics] link:https://github.com/joofio/py4chemoinformatics/blob/master/pdf/py4chemoinformatics.pdf[(pdf)]

= 目次 :imagesdir: images

image::souyakuchan.png[py4chemoinformatics, width=150]

== link:ch01_introduction.asciidoc[01 はじめに]

• RDKitとは？
• 対象読者
• 本書のコードについて
• おまけ
• 謝辞
• License

== link:ch02_installation.asciidoc[02 ケモインフォマティクスのための環境を整えよう]

• Anacondaとは
• Anacondaのインストール方法
• 仮想環境の構築とパッケージのインストール
• インストールしたパッケージの説明
• Condaについてもう少し詳しく

== link:ch03_python.asciidoc[03 Pythonプログラミングの基礎]

• Pythonの基礎
• Jupyter notebookで便利に使おう
• Pythonで機械学習をするために

== link:ch04_database.asciidoc[04 ケモインフォマティクスのための公開データベース]

• ChEMBL
• PubChem
• ChEMBLで欲しい情報を検索する
• その他有用なデータベース

== link:ch05_rdkit.asciidoc[05 RDKitで構造情報を取り扱う]

• SMILESとは
• 構造を描画してみよう
• 複数の化合物を一度に取り扱うには？
• ヘテロシャッフリングをしてみる

== link:ch06_similarity.asciidoc[06 化合物の類似性を評価してみる]

• 化合物が似ているとはどういうことか？
• 類似度を計算する
• バーチャルスクリーニング
• クラスタリング
• Structure Based Drug Design(SBDD)

== link:ch07_graph.asciidoc[07 グラフ構造を利用した類似性の評価]

• 主要な骨格による分類(MCS)
• Matched Molecular PairとMatched Molecular Series
• Cytoscapeを使ってMMPネットワークを可視化する

== link:ch08_visualization.asciidoc[08 沢山の化合物を一度にみたい]

• Chemical Spaceとは
• ユークリッド距離を用いたマッピング
• tSNEをつかったマッピング
• 化合物の距離情報に基づいたクラスタリング(HDBSCANを使ってみる)
• 予め定義したケミカルスペースに新しいデータを足したい

== link:ch09_qsar.asciidoc[09 構造活性相関（QSAR）の基礎]

• 効果ありなしの原因を考えてみる（分類問題）
• 薬の効き目を予測しよう（回帰問題）
• モデルの適用範囲(applicability domain)

== link:ch10_deeplearning.asciidoc[10 ディープラーニング入門]

• ディープラーニングに関して
• TensorFlowとKerasについて
• インストールしてみよう
• Google colabとは

== link:ch11_dlqsar.asciidoc[11 ディープラーニングを利用した構造活性相関]

• DNNを利用した予測モデル構築
• 記述子を工夫してみる(neural fingerprint)

== link:ch12_generativemodels.asciidoc[12 コンピューターに化学構造を考えさせる]

• 準備
• 実例

== link:ch13_beyond.asciidoc[13 おわりに]

• さらに学ぶために

== License

This document is copyright (C) 2019 by @fmkz_ and @iwatobipen

This document is link:https://github.com/Mishima-syk/py4chemoinformatics/blob/master/LICENSE[Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International Public License].

image::by-nc-sa.png[CC-BY-NC-SA, width=100]